Azərbaycan Universiteti magistratura və doktorantura səviyyələrində təhsil üzrə böyük təcrübəyə malikdir. Magistratura səviyyəsi üzrə ilk qəbul 1997-ci ildə aparılmışdır. Aspiranturaya qəbula isə 2003-cü ildə başlanmışdır.
2011-ci ildə magistratura və doktorantura tələbələrinin sayının artması ilə əlaqədar olaraq Elmi Şuranın qərarı ilə Magistratura və doktorantura şöbəsi təşkil olunmuş, 2020-ci ildə şöbənin funksiyaları daha da genişləndirilərək onun bazasında Beynəlxalq Magistratura və Doktorantura Mərkəzi yaradılmışdır.
Magistratura pilləsində 23 ixtisaslaşma üzrə kadr hazırlığı həyata keçirilir. Fəlsəfə doktoru proqramı üzrə doktoranturaya 14, dissertanturaya isə 18 ixtisas və istiqamət üzrə qəbul aparılır.
Mərkəz hazırda 13 doktorant, 17 dissertant və 290 magistrantın tədris prosesini təşkil edir.
* Ukraynanın Xarkov Milli Radioelektronika Universiteti (XNURE) ilə birgə beynəlxalq ikili diplom proqramı
** İtaliyanın Tuscia Universiteti ilə birgə beynəlxalq ikili diplom proqramı